Reanudada la competición nacional, sería eliminado en cuartos de Copa del Rey en una polémica y disputada eliminatoria por el Real Madrid. Copa del Rey por un equipo de Segunda B, la Unió Esportiva Cornellà, pero logró clasificarse como segundo de grupo tras el Bayern de Múnich para los octavos de final de la Liga de Campeones donde quedó emparejado con el Chelsea Football Club (a la postre, camiseta chelsea retro campeón del torneo). En este mes de diciembre el Villarreal alcanza también los octavos de final de la Copa del Rey tras derrotar al Cádiz C. F. por un total de (5-1) en el global de la eliminatoria, con un (1-2) en Cádiz y un (3-0) en Villarreal. Finalizando el año, los rojiblancos avanzaron a octavos de final de la máxima competición europea como segundos de grupo, tras los turineses, donde les esperaría el Liverpool; al tiempo que Oblak se convertía en el portero con mayor número de partidos dejando su portería a cero de la historia de la Liga (arrebatándole el récord a otro rojiblanco, Abel Resino, futbolstore que lo detentaba con 95 partidos). Con el segundo, a causa del caso Neymar y por rivalidad en la Champions, mientras que la rivalidad con el primero tiene que ver con el caso Mbappé y el cruce en los octavos de final de la Champions de la temporada 2021-2022, en medio de la polémica por dicho caso, además del tema de la Superliga europea de fútbol que causa rivalidad directa entre Florentino Pérez y Nasser Al-Khelaïfi.
Mientras disputaba la recta final del campeonato, el 19 de abril de 2021 el Atlético de Madrid comunicaría públicamente su implicación como uno de los doce clubes fundadores de la polémica Superliga Europea. Esta versión del escudo de 1917 sufrió algunas leves modificaciones en 1929 (pasando de seis a cuatro rayas de cada color), en 1932 (vuelta a las doce rayas) y en 1935 (ensanchamiento del escudo). El primer cambio significativo se produjo con el cuarto escudo tras su fusión con el Club Aviación Nacional para ser denominado como Atlético Aviación (1939-47), cuyo emblema pasó a estar inscrito en el símbolo alado del club aéreo militar, conforme al acuerdo adoptado con este último tras la Guerra Civil. Finalizada la temporada 2019-20, abandonaron el equipo el segundo entrenador Germán Burgos y los jugadores Santiago Arias, Thomas Partey, Álvaro Morata (quien retornaría en 2022), Ivan Šaponjić y Diego Costa (este último, en el mes de diciembre), y fueron reemplazados por Moussa Dembélé (en el mercado de invierno), Lucas Torreira, Geoffrey Kondogbia y Luis Suárez (quien tuvo un gran debut como rojiblanco, con dos goles y una asistencia en apenas veinte minutos disputados, en el que fue el mejor estreno liguero del club desde 1955 y tercero mejor de su historia).
La crisis de juego y resultados prosiguió en los siguientes partidos, siendo eliminados de Copa por un equipo de Segunda B (precisamente, el nefasto hito que años antes propició la llegada de Diego Simeone al banquillo). El Palmeiras entró al campo de juego con la bandera brasileña y el capitán del Ejército Adalberto Mendes al mando. El delantero uruguayo finalizó como máximo goleador del equipo y Marcos Llorente como máximo asistente. En la temporada 2018-19 dirigido por Pep Guardiola el club se convirtió en el primer equipo en conquistar todos los principales trofeos ingleses disponibles en una sola temporada, ganando no solo la Premier League, FA Cup y Copa de la Liga, sino también el Community Shield, siendo el primer y único equipo inglés en ganar un «Cuadruplete», al ganar todos los títulos oficiales ingleses y el primero en ganar un «Triplete», convirtiéndose en el primer club inglés en lograr tal hazaña. Entretanto, precisamente en detrimento del F. C. Barcelona y llegado el 9 de mayo, el equipo femenino volvió a alzarse con el campeonato de Liga, obteniendo el Atlético su primer trofeo en propiedad al tratarse del tercer título consecutivo. Así se llegó, fuera también de los cuatro primeros puestos en Liga, a la interrupción de competiciones motivada por un Mundial que volvieron a conquistar futbolistas rojiblancos: Ángel Correa, Rodrigo de Paul y Nahuel Molina con Argentina.
En noviembre de 2024, el Atlético consiguió la mayor victoria de su historia a domicilio en competiciones europeas, al derrotar 0-6 al Sparta Praga. En Liga de Campeones, el equipo sufrió su mayor fracaso en lustros, finalizando en cuarta posición de un grupo asequible y quedando eliminado de competiciones europeas apenas finalizado el mes de octubre. El equipo finalizaría la Liga en cuarta posición. El campeón se reforzaría con jugadores como el reciente campeón de América De Paul, el reciente oro olímpico Cunha o un retornado Griezmann, siendo su baja más destacable la de Trippier llegado enero de 2022. El equipo completó una temporada 2021-22 irregular, siendo eliminado en cuartos de final de Liga de Campeones, en una eliminatoria muy igualada, ante el Manchester City por diferencia de un gol y finalizando en tercera posición la Liga. Por la fecha 17 del Torneo Clausura, ante Olimpo en Bahía Blanca, Agüero recibió su quinta amonestación. En 1991, O’Higgins jugó la final de la liguilla ante Universidad Católica, pero los cruzados ganaron obteniendo la clasificación.