Por Vanessa Bayern se había integrado con el TSV Jahn Múnich y se constituyó como su departamento de fútbol. Según varios informes, el Bayern pagó a Leipzig 25 millones de euros, un récord mundial para un entrenador, como compensación por los servicios de Nagelsmann. El Bayern culminó la histórica temporada con la consecución de la Copa Mundial de Clubes al vencer 1:0 con gol de Benjamin Pavard a los Tigres UANL de México, para así obtener el sextuplete. Todo esto concluyó con el fin de la Segunda Guerra Mundial en 1945, siendo el Bayern uno de los pocos clubes que se opuso al régimen de Adolf Hitler. Posteriormente pudo independizarse y en 1924 sustituyó su escudo por uno muy similar al que poseía entre 1901 y 1906. No obstante, dicha independencia terminaría en 1938, cuando el club atrajo la atención de Adolf Hitler -ya que para entonces el Bayern era el club más prestigioso de Baviera-.
En la Liga de Campeones, el Bayern alcanzaría la semifinal tras derrotar 8:2 al Barcelona, siendo este el peor resultado continental para el club español. ↑ Resultado de la fusión del AS Roniu y el AS Vairao. ↑ Incluidas las fases previas. Durante los años de la Primera Liga de Yugoslavia hubo varios equipos que rivalizaron constantemente por hacerse con los campeonatos de liga, principalmente los clubes procedentes de las grandes ciudades. Más tarde se anunció que Flick se marchaba para hacerse cargo de la selección alemana. La siguiente temporada el equipo continuaba con un rendimiento regular y tras la jornada 10 donde el Bayern fue derrotado 5:1 por el Eintracht Fráncfort, Kovač fue despedido, camiseta futbol baratas asumiendo el cargo como interino Hans-Dieter Flick. La primera temporada de Niko Kovač no empezó muy bien, ya que el Bayern se quedó atrás del Borussia Dortmund en la liga durante la primera mitad de la temporada. En sus inicios el escudo constaba de una bandera de asta dorada que mezclaba -con un diseño de líneas que se entrelazaban- las iniciales del club «FCB». Sin embargo -como pasó en casos similares con Louis van Gaal y Carlo Ancelotti-, la dirigencia del club decidió proteger a su entrenador de las críticas.
A diferencia de lo que se pueda pensar, el club nunca tuvo vínculos con el régimen. De hecho, en el partido el que el equipo perdió la imbatibilidad, José Antonio Caro, fue expulsado y el gol que le marcó el Mirandés lo encajó el portero suplente Dani Barrio. En caso de que el quarterback se encuentre en su propia zona de anotación en el momento de lanzar el pase incompleto, se le otorgará un Safety al equipo rival. El sistema de clasificación a la liguilla ha variado; aunque la constante había sido que los equipos clasificados se definieran por su posición en los grupos preestablecidos al principio de cada torneo. En primer lugar, perdieron con Portugal 1-0, luego empataron con Marruecos 0-0, aunque más luego, avanzaron a la segunda fase tras vencer a Polonia 3-0. En los octavos de final, se enfrentaron con Paraguay y los vencieron 3-0. En los cuartos de final, obtuvieron una histórica derrota por 2-1 ante su similar Argentina, siendo Diego Maradona el autor de ciertos famosos goles.
Con Tuchel en el cargo, el club inmediatamente fue eliminado en los cuartos de final de la Copa de Alemania por el Friburgo, además de también ser eliminados en esa misma fase de Liga de Campeones por -a la postre campeón- Manchester City. El club siguió con su buen andar en liga y alcanzó su octavo título consecutivo, así como también la copa nacional, siendo el decimotercer doblete en la historia del club. Una semana después el Bayern derrotó al R. B. Leipzig por 3:0 en la final de la Copa de Alemania. Bajo la dirección de Nagelsmann, el Bayern completó la hazaña de ganar diez títulos consecutivos de Bundesliga tras derrotar 3:1 al Borussia Dortmund. En Alemania el reparto de estrellas se suele dar de la siguiente forma: una estrella por cada tres ligas, dos estrellas por cada cinco ligas, tres estrellas por cada diez ligas, cuatro estrellas por cada veinte ligas, y cinco estrellas por cada treinta ligas -el Bayern por haber ganado más de 30 títulos de Bundesliga, tiene el derecho a lucir las cinco estrellas-. Dichas estrellas representan los más de treinta títulos de Bundesliga ganadas por el club.