Por Vanessa El dos de septiembre el Juez Único de Competiciones no profesionales de la Real Federación Española de Fútbol determinó que el club no reunía los requisitos para competir ni en Primera Federación ni en Segunda Federación. Tras 4 temporadas al frente de la entidad, ni el consejo de administración de Manuel Llorente ni la Fundación VCF encontraron solución para ninguna de las dos deudas: ni la del club ni la de la Fundación, a pesar de haber contado ambos con los servicios del prestigioso y costoso despacho jurídico Garrigues. Llorente, a ser nuevos patronos de la Fundación nombrados por el club, enfrentándose así a los patronos nombrados por la Generalidad Valenciana, dos días después, el 5 de abril de 2013, Manuel Llorente presentó su dimisión como presidente del Valencia tras casi 4 años en el cargo. Manuel Llorente por seguir teniendo el control tanto del club como de la Fundación, tal como llevaba haciendo desde 2009. Entre esos patronos iban a estar personas que habían sido apartadas de la Fundación por la Generalidad solo unas semanas antes, como Társilo Piles y José Antonio García Moreno. De forma inesperada, el 12 de marzo de 2013 la sentencia de una jueza anuló el aval que en 2009 dio la Generalidad Valenciana a la Fundación Valencia CF.
La Fundación debió haber pagado antes del 27 de noviembre de 2012 el primer pago de los intereses del crédito concedido en 2009 por Bancaja (hoy Bankia) para comprar las acciones no vendidas durante la primera fase de la ampliación de capital, y convertirse así gracias al dinero de este préstamo en el máximo accionista del club. No se pudo hacer frente a dicho pago al no haber vendido la Fundación las acciones en su poder, y al no disponer de otros medios de financiación en los casi 4 años de tiempo que tuvieron para encontrarlos. Este hecho trastocó los planes de los consejeros del club, presididos por Manuel Llorente, que eran al mismo tiempo consejeros del club y patronos de la Fundación Valencia CF, camisetas futbol por lo tanto disponían de un control absoluto sobre el club y sobre el máximo accionista. Por tanto este hecho desvinculaba legalmente al gobierno valenciano de la obligación de seguir siendo avalista ante Bankia. Quiso reunirse con el gobierno valenciano pero no fue atendido. Instituto Valenciano de Finanzas (IVF). En septiembre de 2013 se hace oficial la contratación del mítico exfutbolista y leyenda valencianista Mario Alberto Kempes como embajador internacional del club.
La remodelación del club afectó a casi todos los niveles y se contrató como director general a Luis Cervera y como mánager general de la cantera al exfutbolista Francisco Joaquín Pérez Rufete. El martes 4 de junio de 2013, tres días después de haber terminado la temporada, tuvo lugar la Junta General de Accionistas en la que se aprobó el nuevo consejo de administración del club, presidido por Amadeo Salvo, con el 93% de las acciones presentes en la junta. Junta General Extraordinaria de Accionistas, que tendría lugar una vez finalizada la temporada 2012/13, el martes 4 de junio de 2013. En esa junta se elegiría el nuevo consejo de administración y el nuevo presidente. Tras su marcha el presidente de la Fundación pasó a ser Aurelio Martínez, hasta el momento vicepresidente económico, y Amadeo Salvo, vicepresidente deportivo trabajaría conjuntamente y de forma provisional con el director deportivo del club, Braulio Vázquez, hasta la elección de un nuevo consejo de administración. El Cerro Tibaytatá es una colina de altura comprendida entre los 2550 y 2750 metros sobre el nivel del mar, antiguamente gran parte de la misma era propiedad del empresario Pepe Sierra y formaba parte de la hacienda Casa Blanca.
La temporada 2013/14 se inicia con muchas dudas y un elevado nivel de crítica y exigencia por parte del entorno valencianista hacia el nuevo entrenador y los nuevos gestores, camisetas de futbol 2024 quizás avivado por el ambicioso discurso de ambos sobre devolver al club a lo más alto. Esta sentencia fue recurrida por la entidad bancaria puesto que no fue parte en el proceso y no pudo aportar pruebas ni defenderse explicando su versión. La afición se volcó con el regreso institucional del legendario Kempes aunque solo fuera como representante de la entidad. En dicha instancia se midió con Pacífico al que venció en el primer partido, pero al caer en los penales del segundo partido debió jugarse un tercer partido, donde venció por 2 a 1. En semifinales se disputaron los ansiados ascensos, y Gimnasia enfrentó a Country, que venía de eliminar al puntero del decagonal Nueva Chicago. El cantautor en ciernes de música country, Lawson Bates se dirige a Nashville para reunirse con un ejecutivo de un sello discográfico y un entrenador vocal, mientras que Kelly, Gil y los niños más pequeños comienzan a plantar un jardín de otoño. El club ofreció a Valverde la renovación de contrato por una temporada más con opción a una segunda por la mejora del juego y resultados del equipo, pero el entrenador prefirió esperar a finalizar la temporada para tomar una decisión.