Poco después nacía el equipo femenino, que en la temporada 2001-02 inició la competición desde la Tercera división catalana, la categoría más baja del fútbol femenino catalán. Deportivo Pasto, Bogotá F. C. y Patriotas Boyacá y hubo un escándalo por presunto soborno en el que se vieron implicados el técnico Barrios y los jugadores Daniel Murillo y Fernando Batiste quienes fueron sancionados por la Dimayor. Alexander ‘el Conejo’ Jaramillo, Daniel Murillo, Luis Fernando Lugo, Nicolás Vikonis, Andrés Felipe Arboleda y Mariano Caporale y otros como Andrés Santamaría, Camilo Piedrahíta, José Largacha y Juan Guillermo Baena, en su mayoría solicitados por el director técnico. José Herrera y Andrés Sarmiento por ser los de mejor rendimiento en la temporada 2010, así como Deybi Rodríguez y Julián Vargas quienes permanecieron por solicitud de Fernando Velasco. Clear fue interpretada antes que I Miss You en la última fecha Cyrus confeso que al ser el ultimo concierto quería hacer algo especial.
El partido necesitó ser resuelto desde el punto de penalti, camiseta españa futbol tras llegar al final de los 120 minutos de partido con un empate a uno por los goles de Schillaci y Claudio Caniggia. Perdió el primer partido 0-2 frente a Unión Magdalena y empató sin goles en tiempo reglamentario con Cúcuta Deportivo pero al final lo derrotó por lanzamientos desde el punto penal 4-3, pues los cucuteños habían perdido el primer partido por idéntico marcador. Para el primer semestre de 2002 se armó una plantilla competitiva con jugadores como Orlando Maturana, Juan Carlos Henao, Wilson Carpintero, Hernán Andrés Sarmiento, Luis Moreno, Ancízar Valencia y el equipo estuvo a punto de jugar la final, quedándose fuera de esa instancia a último momento al perder un partido decisivo 1-2 contra el Deportivo Cali en el Estadio Alfonso López. El técnico de ese equipo fue Carlos Mario Hoyos, mientras que en la nómina no había figuras, incluso había algunos jugadores que venían de la Primera B. Algunos jugadores que hicieron parte de esta importante campaña fueron: José Fernando “Chepe” Castañeda, Gustavo “Misil” Restrepo, Miguel Montañez, Manuel Galarcio, Pablo Casquete, Luis Alfonso “Cheo” Romero, Jhon Alex Rodríguez, Lucio España; Arturo Reyes, Diego Pizarro, Wilmar Moreno, Fredy Guirán, Armando “Piripi” Osma, Marcelo Enrique Ibáñez, y Orlando Ballesteros, entre otros.
Los extranjeros más destacados de esta década se encuentran: Pedro Manuel Olalla, Jorge Ernesto Ramoa, Héctor Gerardo Méndez, Luis Alberto Noé, Luis Eduardo Chabat, Juan Carlos Arguedas, Guillermo Rodolfo Guarnieri, Horacio Marcelo Arce, Marcelo Enrique Ibáñez, camiseta barcelona Oyié Flavié y Wilson Núñez entre otros. Entre los extranjeros más destacados de esta década se encuentran: Héctor Walter Burguez, Leonel Rocco, Ruberth Morán, Carlos Alberto Escouto, Marcos Cardoso «Marquinho», Juan Manuel Zandoná, Diego Martín Bonilla, Luis Barbat, Jorge Daniel Casanova, Mariano Carlos Caporale, entre otros. Léider Preciado, Milton Patiño, Mariano Caporale, Jersson González, Hilario Cuenú, Daniel Gamarra, José Herrera y Hernán Andrés Sarmiento entre otros, pero el Atlético Bucaramanga realizó una de las peores campañas de su historia llegando a estar en el puesto 14 al final del primer semestre y el entrenador Miguel Augusto Prince fue despedido. Por Atlético Bucaramanga patearon Hernán Andrés Sarmiento, quien erró y convirtieron Wilson Nuñez, Néstor Cuadros, Andrés Estrada y Leonel Rocco, héroe esa tarde porque también atajo el primero y el cuarto cobro del Cúcuta Deportivo, situación esta última que fue protestada por los jugadores del Cúcuta porque al parecer Rocco se adelantó en el cobro del jugador Gerson Vallejo, pero el árbitro Jorge Hernan Hoyos validó la acción.
El jugador Jonathan Lara salió de la institución tras haber sido suspendido dos años por dar positivo para dopaje luego del partido que el equipo disputó contra Depor Fútbol Club en Cali. Esta época, es la más complicada en la historia del Club por la permanencia prolongada en la Primera B y la ausencia de resultados deportivos de notoriedad incluso en esta división que aseguran la permanencia del Atlético Bucaramanga en esta categoría, al menos hasta diciembre de 2012; por lo que en reiteradas ocasiones la comunidad deportiva de Santander, le ha solicitado al presidente del equipo que no continue al frente de la Institución. Entonces se organiza un triangular en la ciudad de Cartagena de Indias en diciembre de 2001 junto con los equipos Cúcuta Deportivo y el Unión Magdalena ocupando el Atlético Bucaramanga el segundo puesto sin anotar un solo gol. Catalanización de la denominación y se agrega a su denominación el nombre de la ciudad de proveniencia. Durante el semestre el equipo tuvo un rendimiento irregular manteniéndose en posiciones de media tabla dentro del grupo de clasificación, pero en la fecha 17 perdió un trascendental partido contra Real Santander cayendo a la posición 9, lo que provocó la renuncia del Presidente Óscar Córdoba.