Por Vanessa Al año siguiente, tras realizar la pretemporada en Mar del Plata y algunos días antes de iniciar la competencia en la Libertadores, el club transfirió a su capitán y figura Néstor Ortigoza a San Lorenzo. A su estreno concurrieron varios de los célebres futbolistas en ella entrevistados, periodistas ligados al ambiente del fútbol, directivos de otras instituciones y exjugadores identificados con el club como Néstor Ortigoza. El último partido, un duro 2-4 como local contra Fluminense, camiseta arsenal 2024/25 tuvo notoriedad por incluir una batalla campal al final del partido. Estos cómputos, igualmente, son parciales, al no contemplarse como «entrada o ticket de venta» el acceso de los socios de las instituciones a los partidos disputados en condición de local. Como contrapartida, regresaron algunos exjugadores del club como Franco Niell, Sergio Escudero y el arquero Nicolás Navarro, y se incorporó al ex goleador de Gimnasia, Gonzalo Vargas, y al promisorio delantero de la reserva xeneize Nicolás Blandi. La primera rueda de enfrentamientos se cerró con un trabajado triunfo por la mínima ante Nacional en el Parque Central con gol de Niell, gran figura y goleador del equipo en esos partidos.
El equipo fue eliminado por Tigre tras una goleada en la primera ronda de la Sudamericana y arrancaría el Torneo Inicial con una categórica derrota por 3-0 ante Vélez. Aunque en 2001 se le construyó una tribuna lateral de cemento, luego del ascenso a la Primera División fue remodelado completamente, ya que en medio del partido final, el alambrado de la tribuna local se desplomó sobre la propia tribuna que albergaba a los simpatizantes locales, al estar subidos una numerosa cantidad de hinchas. Lamentablemente, el segundo ciclo empezaría bastante mal, con una racha de 6 empates consecutivos (las cinco primeras jornadas del Apertura y el debut en la Sudamericana ante Vélez) que recién se cortaría con un doloroso 4-0 en contra en el Amalfitani por la revancha del torneo continental, sucedido luego por una caída por el mismo resultado ante Lanús en La Paternal y por una derrota 4-3 contra un Estudiantes de La Plata ya lejos de sus mejores rendimientos. El Club Atlético Estudiantes, también conocido como Estudiantes de Buenos Aires o Estudiantes de Caseros, es un club deportivo argentino que tiene su sede social y polideportiva principal, así como también su asentamiento legal, en la Ciudad Autónoma de Buenos Aires; más exactamente en el barrio de Villa Devoto.
Estudiantes participó junto a Peñarol de Montevideo, Santos de Brasil y Racing Club, en una serie de todos contra todos a partido y revancha. La mayor competencia continental de clubes tenía deparado un grupo durísimo para Argentinos: debía medirse ni más ni menos con Fluminense, campeón de Brasil y con figuras de la talla de Deco y Rafael Moura, América de México, vigente campeón mexicano, y Nacional de Montevideo, ganador del certamen uruguayo. En aquel torneo apenas perdió tres partidos (a manos de Godoy Cruz, Boca y Olimpo) y fue el equipo con menos derrotas del certamen. A pesar de todas las expectativas generadas por estas caras nuevas, Argentinos no podría evitar el descenso, tras un torneo nefasto en el que consiguió solo 15 puntos. Poco después, el 24 de noviembre dimitía el presidente Arturo Tuzón en la que era su octava temporada al frente del club, y fue nombrado Melchor Hoyos Pérez hasta las elecciones a la presidencia. En mayo de 2010, las cuentas fueron develadas, mostrando las deudas del grupo financiero del club, con pérdidas de hasta £55 millones, y un endeudamiento total de £350 millones, causando que la red de servicios KPMG realice una auditoría en el club para expresar su opinión.
La segunda fecha traería peores noticias: el equipo perdió por 2-0 ante Racing como local y la flamante incorporación, el peruano José Fernández, sufriría una lesión que lo marginaría hasta el final del campeonato. El segundo ciclo de Caruso en el club contó con la desventaja de tener que llevarse a cabo con un plantel mal armado y descompensado, con varios jugadores veteranos como Diego Placente, Aníbal Matellán, Ariel Garcé y Leandro Caruso en dudosas condiciones físicas y futbolísticas, y una enorme cantidad de jugadores juveniles. Con apenas 19 unidades en igual cantidad de partidos y terminando en la decimosexta posición, Argentinos una vez más se acercaba a la lucha por la permanencia. La cosecha de 73 unidades en toda la temporada fue la mayor en un año en la historia de la institución. Terminó en la decimoquinta colocación con 22 unidades. Argentinos sumó la buena cifra de 30 unidades, acabando en la 5.ª colocación y clasificando a la Sudamericana por segundo año consecutivo y por tercera vez en su historia.